유전체학 실험분석 지노믹웍스

H > 서비스 > Next-Generation Sequencing (NGS) > 16s rDNA tagging

16s rDNA tagging

16s rDNA tagging ?

특정 환경 및 시료 (stool, body fluid) 내에 존재하는 세균총의 동정, 분류 및 기능유전체 분석에 사용되는 기법입니다. 시료내의 미생물의 모든 genomic DNA를 분리하여 미생물의 종 특이적 부위로 알려져 있는 16s rDNA의 hypervariable region을 sequencing을 통하여 data를 얻은 후 미생물 동정/분류에 활용하는 방법입니다.16s rDNA는 약 1,500 bp의 길이에 해당되고, whole genome metagenomic survey에 비해 정확도가 비교적 낮지만, 저렴한 비용으로 전체 세균총의 분류를 수행할 수 있는 것이 장점입니다.

적용분야

  • Metagenomics
  • Microorganism classification
  • Microorganism population study
  • Species identification

Metagenomic survey vs. 16s rDNA tagging

Sequencing
target
Sequencing
methods
Data
16s rRNA
tagging
16s rRNA
hypervariable
regions
Roche 454
1.Taxonomic classification
2.OTU analysis
Whole genome
metagenomic
survey
Whole
bacterial
genomes
Illumina HiSeq
1.Species identification
2.Gene prediction
3.ORF/functional annotation

16s rDNA tagging - 실험 진행 과정

Sample requirements

concentration Concentration (ng/㎕) Quality
Genomic DNA > 5㎍ (in general) > 50 OD(260/280)>1.8 is highly recommended

Sequencing Strategy

91 ~ 101 PE sequencing

Bioinformatic analysis - contents

contents
1차 분석
1. Illumina QC report
2. Remove the low-quality reads (poly-ATGC) and adaptors
3. Overlap the paired-end reads to form tags
4. Remove the primer
2차 분석 1. Species classification analysis by BlastN, OTU analysis
2. Calculate alpha diversity for complexity analysis in single sample
3. Species (or OTU) ralative abundance analysis
4. Primary comparative analysis:
5. Intermediate comparative analysis :
6. Advanced comparative analysis (Sample Groups ≥ 2; Samples in each Group ≥ 10):